מערכה ראשונה
פאוסט, שבילה את מרבית חייו בחקר הפילוסופיה ונטול אשליות, מחליט להרעיל את עצמו. הוא מקלל את אלוהים וקורא אל השטן. מפיסטופלס מופיע ומציע לפאוסט עושר, כוח ותהילה, אבל פאוסט מעוניין רק בנעורים ובנשים. מפיסטופלס מסכים: על פני האדמה פאוסט יהיה אדונו, אך בעולם שלמטה התפקידים יוחלפו. כאשר פאוסט מהסס, מפיסטופלס מעלה חזון של מרגריט. פאוסט חותם על החוזה והופך לצעיר.
מערכה שנייה
היריד בעיר וזהו יום חג לתושבים. ולנטין חושש להשאיר את מרגריט, אחותו, ללא השגחה. וגנר מתחיל לשיר כדי לשמח אותם אך מופרע על ידי מפיסטופלס, ששר חזק יותר. מפיסטופלס חוזה את העתיד: וגנר, כך נראה, ייהרג בקרב הראשון שלו, פרחים יקמלו בידיו של סיבל, וולנטין ימצא את מותו בידי מישהו הקרוב אליו. נגעל מהיין המוגש, מפיסטופלס מעלה באוב בציר טוב יותר בכדי להרים כוסית לחייה של מרגריט. החיילים המשוכנעים שהם בנוכחותו של השטן, מצטלבים מיד. מפיסטופלס מוביל את פאוסט למקום בו זוגות רוקדים להם ואלס. פאוסט רואה את מרגריט. הוא מגיש לה את זרועו והיא מסרבת, אך בצורה מלאת קסם, כך שהוא עוזב מוקסם אפילו יותר מאשר קודם.
מערכה שלישית
סיבל קוטף פרחים למרגריט אך כפי שניבא מפיסטופלס, הם קמלים מיד. מפיסטופלס ופאוסט צופים. אוירת התמימות הסובבת את מרגריט מניעה את פאוסט. הוא מודע לרצונו להרוס אותה. מרגריט איננה מצליחה לישון, אחוזת טירוף מהבחור הצעיר בו פגשה, היא רואה את התכשיטים שהשאיר לה מפיסטופלס . כשהיא מנסה אותם, היא רואה במראה אישה אחרת, והיא מבולבלת עוד יותר מהעידוד של שכנתה, מרתה. פאוסט ומפיסטופלס מופיעים. מפיסטופלס מחזר אחרי מרתה והולך איתה, משאיר את השטח פנוי לפאוסט, בכדי שיוכל לפתות את מרגריט. לאחר הנשיקה הראשונה, מרגריט נבהלת ונכנסת אל תוך הבית. מפיסטופלס מפיק בושם משקר בניחוח פרחי הלילה. הבושם נותן את השפעתו במרגריט , שמתוודה ללילה על אהבתה לפאוסט. כשהוא מקבל את הסימן, פאוסט קורא בשמה של מרגריט. כעת למפיסטופלס יש אחיזה בשתי הנשמות. הם מתנים אהבה.
מערכה רביעית
לאחר שפותתה וננטשה, מרגריט נושאת ילדו של פאוסט ברחמה. סיבל מבטיח לדאוג לה. מרגריט, עדיין מאוהבת בפאוסט, מתפללת למענו ולמען ילדם שעוד לא נולד. ולנטין חוזר ואיתו החיילים. סיבל מנסה להניאו מלהכנס לבית. חושש מהגרוע מכל, ולנטין דוחף אותו הצידה והולך לראות בעיניו. חושך עכשיו ומפיסטופלס שר למרגריט סרנדות בשמו של פאוסט. ולנטין רץ החוצה ותובע נקם מפאוסט. הם נלחמים, ועם עזרה קטנה ממפיסטופלס, ולנטין נפצע אנושות. מרגריט מביטה באחיה הגוסס, ושומעת אותו מקלל אותה בנשימתו האחרונה. מבולבלת היא הולכת לכנסיה להתפלל על נשמתה. כשהיא שומעת את קולו של מפיסטופלס אומר לה שהיא מקוללת, היא מתמוטטת באימה.
מערכה חמישית
ילדה מת ושפיותה אבדה, מרגריט הושמה מאחורי סורג ובריח. בעל כורחו, מפיסטופלס עוזר לפאוסט לפרוץ לכלא בכדי להצילה. נראה שהיא מזהה אותו. פאוסט מוצף ברחמים. מרגריט מבוהלת למראה השטן, רואה את הדם על ידיו של פאוסט. ובבקשת תחנונים אחרונה לגן עדן, היא מתה. מפיסטופלס מקלל אותה אך קול שמיימי מכריז כי נפשה נגאלה.
