מערכה ראשונה
מלחמת טרויה בת עשר השנים הסתיימה. הצבאות היוונים הרסו את האומה הטרויאנית ובאי כרתים מחכים התושבים לשובו של מלכם, אידומנאו, מן הקרבות. איליה, נסיכה טרויאנית שבויה, נקרעת בין שנאתה לכובשים היוונים לבין אהבתה הגדלה לאידמנטה, בנו של אידומנאו. אלקטרה, בתו של אגממנון, המוצאת מחסה בכרתים לאחר שרצחה את אמה, מאוהבת באידמנטה ולכן עוקבת בקנאה אחר אהבתם של איליה ואידמנטה. ארבצ'ה, יועץ המלך, מביא את הידיעות הקשות שספינת המלך טבעה ליד חופי האי והמלך נספה. אבל אידומנאו לא מת. כשהוא ניצב מול המוות הוא נדר לנפטון, אל הים, שבתמורה להצלתו הוא יקריב את האדם הראשון שיפגוש על החוף. אידמנטה, בנו, מגלה את המלך שהגיע לחוף וכאשר אידומנאו מבין כי אידמנטה הוא בנו, הוא נבעת מההבנה שהוא יאלץ להקריב אותו לאלים. בייאושו אידומנאו מסלק את אידמנטה מדרכו.
מערכה שנייה
אידומנאו מגלה את סודו הנורא ליועצו ארבצ'ה המציע לשלוח את אידמנטה אל מחוץ לכרתים והמלך מחליט לשלוח את אידמנטה עם אלקטרה לארגוס. איליה מתוודה בפני אידומנאו שהיא מצאה בו אב חדש והוא מתחיל להבין שישנה קרבה בינה לבין בנו. אלקטרה מרגישה שניצחונה קרוב, והיא משוכנעת כי היא תצליח לזכות באהבתו של אידמנטה כאשר הוא ילווה אותה בחזרה אל ארצה. אידמנטה נפרד בלב כבד מאיליה אך לפתע פורצת סערה עזה. נקמתו של נפטון החלה.
מערכה שלישית
איליה כמהה לאהבתו של אידמנטה, אבל מחליטה לגלות לו את אהבתה רק לאחר ששמעה ממנו שהוא עומד לצאת להילחם במפלצת ששלח נפטון להטיל את אימתה על תושבי כרתים. אידמנטה שואל את אביו מדוע הוא מתרחק ממנו באכזריות כזו, אך אידומנאו אינו משיב, דוחה אותו מעל פניו ומצווה עליו שוב לעזוב את מולדתו ולמצוא לעצמו מקום מקלט מרוחק. ארבצ'ה נכנס ומודיע שתושבי כרתים זועפים ושהם, ובראשם הכהן הגדול, תובעים מן המלך להסביר את האסונות המתרגשים עליהם. הארץ הייתה לשממה. חורבן ומוות שולטים בכל רחבי האי. הכהן הגדול מאלץ את אידומנאו להתוודות ולגלות לעם את מי הוא נדר להקריב. כשאידומנאו נוקב בשם בנו אידמנטה, העם מזועזע.
אידומנאו ותושבי האי מתפללים במקדש נפטון ומכינים את טקס הקורבן. ארבצ'ה מודיע שאידמנטה הרג את המפלצת. אידמנטה המבין כעת שהתנהגותו המוזרה של אביו נבעה מאהבה ולא מהתאכזרות, נכון לקבל עליו את גזר הדין. טקס הקורבן מתחיל ואיליה מציעה את עצמה כקורבן במקומו של אידמנטה. קולו של נפטון ממלא את חלל האוויר. הוא מסכים להתיר את הנדר בתנאי שאידומנאו יוותר על כתרו וימסור את השלטון לידיהם של בנו אידמנטה ואהובתו איליה. אידומנאו מסכים וכולם מרוצים חוץ מאלקטרה שעתה כל עולמה חרב עליה.